AlphaGenome – 谷歌推出的AI基因变异预测模型

AlphaGenome是什么

AlphaGenome是谷歌DeepMind推出的全新AI模型，能更深入地理解基因组。模型能接收长达100万个碱基对的DNA序列输入，预测数千种表征其调控活性的分子特性，评估基因变异的影响。模型基于卷积层、Transformer架构，训练数据来自大型公共数据库。模型具有长序列上下文与高分辨率、全面多模态预测、高效变异评分和新颖剪接点建模等优势，在多项基准测试中表现顶尖，基于API向非商业研究领域开放，有望推动疾病研究、基因治疗和基础生命科学的发展。

AlphaGenome的主要功能

• 预测基因调控特性：预测基因的起始和终止位置、RNA剪接、生成数量，及DNA碱基的可及性等。
• 评估基因变异影响：对比突变前后序列的预测结果，高效评估基因变异的影响。
• 助力疾病研究：帮助精确定位疾病潜在原因，发现新的治疗靶点。
• 指导合成生物学设计：设计具有特定调控功能的合成DNA。
• 加速基础研究：协助绘制基因组功能元件图谱，加深对基因组的理解。

AlphaGenome的技术原理

• 长序列输入与高分辨率预测：AlphaGenome能处理长达100万个碱基对的DNA序列，用单个碱基的分辨率进行预测。长序列上下文的处理能力对于捕捉远距离基因调控元件和精细的生物学细节至关重要。
• 卷积层检测短模式：模型用卷积层初步检测基因组序列中的短模式。卷积层能识别局部的模式和特征，为后续的分析提供基础。
• Transformer整合信息：基于Transformer模型整合序列上所有位置的信息。Transformer架构能处理长序列，且能够捕捉序列中不同位置之间的长距离依赖关系，对于理解基因调控过程中的复杂相互作用非常重要。
• 多模态预测输出：基于一系列输出层，将检测到的模式转化为对不同分子特性的具体预测。预测包括基因的起始和终止位置、RNA的剪接方式、RNA的生成数量、DNA碱基的可及性等。
• 高效变异评分：模型支持在一秒内高效评估一个基因变异对所有相关分子特性的影响。基于对比突变前后的预测差异，AlphaGenome能快速总结变异的影响。
• 新颖的剪接点建模：AlphaGenome首次能直接从DNA序列中明确地模拟剪接点的位置和表达水平，为理解遗传变异如何影响RNA剪接提供更深刻的见解。
• 大规模数据训练：AlphaGenome在来自ENCODE、GTEx、4D Nucleome和FANTOM5等大型公共数据库的海量实验数据上进行训练。数据覆盖数百种人类和老鼠细胞及组织中重要的基因调控模式，让模型能学习到广泛的基因调控知识。

AlphaGenome的项目地址

• 项目官网：https://deepmind.google/discover/blog/alphagenome-ai-for-better-understanding-the-genome/
• 技术论文：https://storage.googleapis.com/deepmind-media/papers/alphagenome.pdf

AlphaGenome的应用场景

• 疾病研究：帮助精确定位疾病潜在原因，发现新治疗靶点，适合研究罕见孟德尔疾病。
• 合成生物学：指导设计具有特定调控功能的合成DNA，优化生物合成路径。
• 基础研究：协助绘制基因组功能元件图谱，加速对基因组的理解。
• 药物开发：助力发现新药物靶点，评估药物对基因调控的影响。
• 基因治疗：为精准修复基因变异、优化基因编辑工具提供支持。